2011
La guerre entre les deux univers fait rage. Lorsque l’univers alternatif réussit à activer la Machine, Peter se voit forcé d’entrer à l’intérieur pour sauver son univers. Alors qu’il a l’intention de détruire l’autre univers, il se retrouve projeté en 2026 où il subit les conséquences de ce choix menant à la destruction de l’univers qu’il tentait de sauver mais aussi à la mort de la femme qu’il aime : Olivia.
De retour dans le présent, Peter crée alors un pont entre les deux univers pour que ceux-ci puissent travailler ensemble pour réparer les dégâts causés des deux côtés. Si de nombreuses tensions subsistes entre les deux équipes de la Division Fringe, leur travail porte ses fruits et les deux mondes se régénèrent petit à petit.

2015
Au début, ils ne faisaient que regarder, apparaissant à des moments clés de l’histoire humaine. On les appelait les Observateurs. Mais en 2015, ils ont cessé d’observer et on prit le contrôle de notre monde. Les citoyens se soulèvent alors mais en vain et beaucoup meurt.
La Division Fringe crée alors un plan pour vaincre les Observateurs avec l’aide de Donald O’Connor, anciennement connu sous le nom de September. En effet, ce dernier ayant intervenu dans le cours des événements et n’ayant jamais réparé son erreur en effaçant Peter de l’histoire comme il aurait dû le faire, il se voit retirer la technologie des Observateurs et devenir un humain. Cependant, la Division Fringe se rend compte qu’elle ne peut agir seule et demande l’aide de l’univers alternatif pour vaincre cette menace qui pourrait bien les atteindre un jour.
Malgré cela, les deux Divisons se retrouvent dépassées par les Observateurs et dans l’espoir de préserver le plan de ces derniers, ils activent un diffuseur d’ambre sur Liberty Island où se trouve le pont, empêchant ainsi la communication entre les deux univers. Olivia, Peter, Walter, Astrid et Lincoln mais aussi Alt !Olivia, Alt !Charlie, Alt !Lincoln et Alt !Astrid se sacrifient pour sauver leurs univers et se retrouvent tous piégés dans l’ambre.

2036
Les humains se font de plus en plus rares, beaucoup ayant été tués lors de la Grande Purge de 2015. Les derniers survivants sont appelés Autochtones. Dans une tentative de prouver leur allégeance, certains Autochtones sont devenus des Loyalistes, marqués par les Observateurs qu’ils servent fidèlement. La Division Fringe originale a disparue depuis vingt-un ans et ses membres sont officiellement considérés comme étant morts. Cependant, la Division Fringe a continué d’exister sous le commandement du Colonel Philip Broyles avec des moyens moindre et n’assure désormais plus que la sécurité des Autochtones. Alors que tout espoir semble perdu et que la liberté semble être un concept inatteignable, une personne espère toujours : Henrietta Bishop.
Séparée en 2015 de ses parents qui ne sont nul autre qu’Olivia et Peter, Henrietta a été recueillie par sa tante Rachel et a grandi avec sa cousine Ella et prit son nom : Blake. Toutes les deux font partie de la Division Fringe mais pas uniquement, elles sont aussi des membres actives de la Résistance. Ou tout du moins de ce qu’il en reste. Henrietta est persuadée que ses parents sont toujours vivants quelque part et ne perd pas espoir, contrairement à Ella qui se montre plus sceptique jusqu’à ce qu’un membre de la Résistance ne ramène à Etta un bloc d’ambre dans lequel est figé un vieil homme qui n’est autre que Walter Bishop. Avec l’aide d’Ella et de son coéquipier, Simon Foster, ils parviennent à libérer Walter de l’ambre qui leur indique où se trouve le reste de l’équipe.
Ils pensaient avoir gagné. Ils pensaient que notre monde leur appartenait. Ils pensaient que la Résistance était morte. Mais ils se sont trompés. Avec la libération de ceux qui furent pris dans l’ambre, la Résistance est désormais plus forte que jamais et n’a plus qu’un seul but : libérer le monde des Observateurs.